Ohranili sta se le rumena in rdeča barva. Gre za rumeno in rdečo zemljo, na kar sklepamo na osnovi granulacije zrnc pigmenta, vidnih na prečnih prerezih (sl. 1), to pa so potrdile tudi XRF analize, ki so v obeh pigmentih identificirale visoko vsebnost železa. Te so razkrile tudi prisotnost nekega svinčevega pigmenta, ki je najbolj izrazit v rdeči barvi okrasa na rumenem Krištofovem plašču; precej manj ga je v ostalih vzorcih. Vse kaže, da je neki svinčevi pigment (svinčeva bela ali rdeči minij) del izvirne slikarjeve palete, kar sicer ni običajno za slikanje al fresco, saj ti pigmenti niso obstojni v tej tehniki. Lahko bi šlo sicer tudi za kasnejšo retušo pred koncem 19. stoletja, ko je ta toksični pigment zamenjala  cinkova bela. Slednjo skupaj s titanovo belo in kromovo zeleno prav tako odkrijemo na tem istem vzorcu, kjer pa gre gotovo za retušo. Vezivo je apno iz ometa (visoki vrhovi kalcija na XRF spektrih), slikar pa je moral uporabiti tudi neko organsko vezivo za dele, narejene al secco.